京东集团董事局主席刘强东在2018中国互联网+数字经济峰会上的主题演讲中，提到京东财报有些数字略有虚高，比如毛利率和成本都是虚高的。
刘强东解释这是因为京东物流向第三方开放，“过去的金融收入都算毛利，而成本算到成本”。这样一来，京东的毛利率在一定程度上是不真实的。刘强东认为，这只是财务处理，并不是做假账。
界面新闻整理京东历年财报发现，近几年京东集团毛利率持续增长，从2010年的4.82%上升到2017年的14.02%，其中2016年的毛利率达到15.16%。
有分析认为京东毛利率的提升在于品类扩充及第三方业务的高毛利率。京东集团未公开过第三方业务的毛利率，参照阿里巴巴均值60%以上的毛利率，相比自营，京东第三方业务的毛利率更高。
京东集团2017年四个季度的毛利率有较大幅度的变动，Q1季度毛利率为16.1%，Q2季度为13.5%，Q3季度15.5%，Q4季度为13.1%。
其中，Q2季度的毛利率从一季度的16.1%下降到13.5%。在二季度的财报中京东方面给出的解释是，京东金融独立运营，不再并入京东集团合并报表，相应减少了集团的营业收入和成本。
京东物流向第三方开放，平台此前的仓储、物流费用从计入履约成本重新归类到销售成本。2016年和2017年Q1季度，分别有26亿元和7亿元履约成本调整为销售成本。
调整后，京东集团的毛利率有所下降，因为物流产生的履约成本计为销售成本，不再计入经营费用。